根據國內女變男變性手術的醫療常規，在手術前須有兩家不同機構的精神科醫師鑑定通過且術前須有兩年的觀察期，始得接受手術。由於手術是不可逆的，可事前保留卵子以待將來國內法令改變或國外進行生殖(國內法令尚無法源支持變性人生殖行為)。
女變男變性手術分三個階段完成，第一階段由婦產科完成子宮及卵巢摘除，第二階段由整形外科及泌尿科進行尿道延伸及陰莖成形手術，第三階段由泌尿科進行假體的植入。由於手術涉及神經、血管及尿道的吻合，術前禁菸一年及術後全面禁菸有絕對的必要性。

• 註一
  第一階段由婦產科完成子宮及卵巢摘除，約一個月後身體無任何不適可安排第二階段手術。
• 註二
  在進行第二階段手術前，患者可評估是否將來考慮站姿小便。站姿小便在重建上需延伸尿道及陰莖成形術，有較高的機會產生尿道狹窄及壞死，在減低手術併發症考慮下，部分患者並不選擇站姿小便，因此，尿道在部分延伸後，開口位置會停留在陰囊後面，前端的陰莖可選擇由大腿或腹股溝皮瓣來重建完成。
• 註三
  考慮站姿小便的患者在陰莖成形術上就要考慮雙管的結構(內管形成尿道；外管包覆尿道)，若患者的大腿厚度較薄，可用單一大腿皮瓣形成，缺點是皮瓣供應區需要植皮。
• 註四
  若患者的大腿厚度略厚，可用自由前臂皮瓣(形成內管)合併大腿或腹股溝皮瓣(形成外管包覆尿道)，因涉及血管吻合，除難度和併發症較高外，手臂和腹股溝處留下較長疤痕。
• 註五
  患者的大腿厚度較厚，難以形成雙管的結構，可取陰道的黏膜或他處的皮膚先植入大腿或小腿的皮瓣中，待形成穩定通道(形成內管)後再連同皮瓣進行陰莖成形術，壞處是先植入的皮膚或黏膜較容易攣縮，所以尿道狹窄的機會也就較高。
• 註六
  因疤痕的緣故不考慮以大腿作為皮瓣，可考慮雙腹股溝皮瓣，內管及外管長度約需25 cm，雖然疤痕可以藏在兩側腹股溝處，由於血管供應距離較長，偶有遠端壞死的情形。
• 註七
  同於先前面選取自由前臂皮瓣單純作為內管尿道使用，在此所取的自由前臂皮瓣要同時完成雙管的結構，因此皮瓣供應區較大需要大面積植皮，有疤痕攣縮的可能性；此皮瓣可同時拿取部分橈骨作支撐用，避開後續第三階段手術。
• 註八
  陰莖成形術術後，會從恥骨上方膀胱放置恥骨造廔，待數周後新的尿道經攝影無狹窄後，才會正式轉移由新形成的陰莖尿道排尿。之後要等吻合的感覺神經生長穩定後，才會進行第三階段手術。

不同於男性性器官，陰莖成形術所形成的皮瓣並沒有白膜的結構，因此在第三階段所植入的假體在進行性行為就有較高穿出或位移的機會，因此新形成的皮瓣須吻合感覺神經至單側的陰蒂神經上(單側約犧牲80%，另一側保持完整)或附近的神經來提高保護的功能。因此性刺激的來源部分是靠性行為時陰莖傳導力量摩擦陰蒂產生(陰蒂於尿道延伸時包埋在陰莖基部)，另一部分是來自皮瓣感覺的刺激。

• 感覺異常
  發生率高，常發生在外管皮瓣的供應區，因為供應區感覺神經須犧牲來保護重建後組織下的假體。
• 尿道狹窄及廔管
  發生率25-58%，組織血液循環不好是最常見的原因，常有廔管及狹窄接替發生的情形，因此嚴格的禁菸和選擇合適的皮瓣重建是降低該併發症最好的方法。
• 植入假體衍生併發症
  這類併發症包括感染、穿出、潰瘍、位移、疼痛、假體毀損等，發生率約8-50%。

• Geolani W. Dy. Reconstructive Management Pearls for the Transgender Patient. Current Urology Reports (2018) 19: 36.